EMERES fue creada en 1986 como una iniciativa intermunicipal con la participación de 14 municipios de la Región Metropolitana, alcanzando actualmente 19 municipios socios. En sus inicios, desempeñó un rol operativo en la gestión de residuos, administrando los vertederos Lo Errázuriz y Lepanto.
En el año 2001, lideró una licitación internacional que permitió la creación de los rellenos sanitarios Santa Marta y Santiago Poniente, asumiendo posteriormente funciones de fiscalización y coordinación en la disposición de residuos municipales. Tras un periodo de dificultades que derivó en su quiebra, la empresa logró reestructurarse entre los años 2006 y 2010.
A partir de 2011, con la implementación de un nuevo Plan Estratégico, EMERES inicia una etapa de consolidación institucional, enfocando su gestión en la valorización de residuos y la economía circular. Actualmente, pretende redefinir su modelo institucional, orientándolo con mayor profundidad hacia la innovación tecnológica, la evaluación de alternativas de tratamiento y valorización de residuos, y al desarrollo de proyectos asociados a la economía circular.
Contribuir a una gestión eficiente y sustentable de los residuos sólidos domiciliarios, apoyando a los municipios socios mediante la coordinación, fiscalización y desarrollo de soluciones técnicas sustentables, promoviendo la valorización de residuos y la economía circular.
Ser un referente en la gestión intermunicipal de residuos, impulsando modelos colaborativos que fortalezcan el desarrollo local, la valorización y la implementación de soluciones integrales, posicionándose como un actor relevante en sustentabilidad ambiental. Para ello, EMERES fortalecerá sus servicios de disposición y fiscalización, convenios de colaboración, participación en políticas públicas y el desarrollo de proyectos de inversión en tratamiento y valorización de residuos, en coherencia con su misión y el compromiso permanente con sus municipalidades socias.