La administración de Emeres está a cargo de un Consejo de Alcaldes, formado por cinco socios que son elegidos por los miembros socios, cargo que dura dos años, pudiendo ser reelegidos. El actual Directorio está conformado de la siguiente manera:
Presidente
Daniel Reyes Morales
Alcaldesa de La Florida
Vicepresidente
Gustavo Toro Quintana
Alcalde de San Ramón
Director
Johnny Yáñez Alcalde de Cerrillos
Directora
Claudia Pizarro Peña Alcaldesa de La Pintana
Director
Manuel Zuñiga Aguilar
Alcalde de El Bosque
Todas las actividades desarrolladas en el marco del Plan de Gestión de Emeres, son comunicadas en forma regular, tanto en los Consejos de Alcaldes, celebrados mensualmente, como en las Asambleas anuales de municipios socios.